中国农科院柑桔研究所以应用研究和应用基础研究为主，根据全国柑桔产业发展需要和学科发展需求，着重解决柑桔生产和科学研究中全局性和关键性的重大科学技术问题；大力加强开发研究，推广科研成果，开展科技咨询和人员培训；组织协调全国性重大科研或科技项目协作；开展国内外学术交流和人才培养；编辑出版全国性专业刊物。

建所50年来，先后获得各项研究成果150余项（其中国家级奖励成果10项，部省级奖励成果51项），专利10项（“十五”以来，获得科研成果12项，申请专利6项，新品种审定5个，制（修）订国家和行业标准15项）；编著和参加编著科技著作100余部，发表论文1800余篇（“十五期间，发表论文341篇，出版专著14部）。

柑桔所现有植物病理学、果树学和农产品加工与贮藏工程3个博士学位授权点，以及植物病理学、作物遗传育种学、作物种质资源学、果树学、农产品加工与贮藏工程、土壤学、微生物学、植物学、细胞生物学等9个硕士学位授权点，有博士生导师5人，硕士生导师26人，招收研究生228人，其中硕士202人，博士26人，博士后6人。

重点研究领域：

品种资源收集评价和利用工作，通过全国柑桔栽培品种和野生资源调查收集，建立起“国家果树种质重庆柑桔圃”，已经保存柑桔类种质资源1268份，涵盖柑桔亚科植物中10属25种14变种；此外，在“国家柑桔苗木脱毒中心”的无病毒良种库已保存396个优新品种原种材料。初步建成了柑桔种质收集、保存、鉴定和评价利用的研究体系，在柑桔分类、系统演化、分子进化、种质创新及其理论基础以及基因发掘利用等方面进行深入研究。

柑桔育种工作，主要致力于引种、选种、杂交育种、辐照育种、基因工程育种和航天育种，培育具有自主知识产权的柑桔（含砧木）优新品种；开展柑桔遗传育种领域的基础和应用基础研究，探索柑桔重要性状遗传规律，创新育种技术；开发和利用分子标记、转基因产品及其检测技术。

柑桔栽培与生理研究方面，系统开展柑桔大小年结果、花芽分化机理及其调控、保花保果、营养诊断、缺素症矫治与精准施肥、菌根调查与筛选、水肥一体化灌溉施肥、水分生理与节水灌溉、产地环境与生态修复、果园水土保持、果品质量控制、精准管理、远程决策、良好农业规范（GAP）管理模式、果园规划设计、留树贮藏等领域的研究或技术开发。

柑桔病虫害防治研究，在柑桔病害方面，着重研究病毒病和类似病毒病害、真菌病害及线虫病，调查鉴定在国内发生分布情况，筛选柑桔抗病品种，开展柑桔病害分子检测与分子病理学、无病毒良种苗木繁育体系技术、非疫区建设关键技术、危险性有害生物预警与控制等研究。在柑桔虫害方面，着重研究螨、蚧类害虫的生物学特性、发生规律及综合防治技术。开展柑桔虫害与分子昆虫学、天敌资源与开发利用、生物源农药研发和新农药筛选等研究。保存182种柑桔害虫标本，22种病害标本，62种害虫天敌标本。

贮藏加工研究方面，系统开展柑桔果实采后生理、采前处理及采后商品化处理、贮藏期包装方法、防腐保鲜剂筛选、产地高效节能贮藏、通风贮藏、制冷贮藏、湿冷贮藏、柑桔适宜加工品种筛选、加工新产品和新工艺、加工副产物资源化综合利用、加工技术与装备等研究。

柑桔质量安全与标准研究，主要开展柑桔全程质量安全控制技术、质量安全检测技术、质量安全标准、溯源检测技术、新型分离介质及其在农药检测中的应用等研究，有关国家标准、行业标准的制（修）订以及柑桔苗木、鲜果及加工品质量等监督检验工作。

宏观发展与信息研究。开展全国柑桔生产区划、良种区划和生态区划研究，国家和区域柑桔发展规划编制，产业信息资源研究，专业信息数据库及其检索系统研究开发，专业期刊编辑出版，我所门户网站建设，智能化专家决策支持系统研究与建立，多维柑桔数据模型与虚拟技术研究，柑桔信息监测与速报系统研究与建立，柑桔现代教育和远程培训系统研究与建立等。

由该所完成的”柑桔无病毒良种苗木繁育体系的建立“成果，对新一轮柑桔产业发展和技术进步起到巨大的推动作用，全国柑桔无病毒良种苗木繁育体系已初具雏形，部分省市已全部采用无病毒良种苗木。该所主持的科技部”十五“重大科技攻关专项”三峡库区柑桔生态经济系统重建关键技术研究“，有效地支撑了三峡库区生态友好型高效柑桔产业发展和亚洲最大橙汁加工基地建设；该所组织的柑桔转基因抗溃疡病品种研发和基因芯片技术处于国内领先水平。