中国农业科学院在2004年度通过院长基金项目,资助了农业信息研究所开展“我国农业科研机构综合实力评估”课题的研究,并对2003年我国农业科研机构的综合实力进行了评估。在这次评价的基础上,课题组在2005年再次对全国1217个农业科研机构2004年度的综合实力进行了评估。评估范围包括中央、省、地三级农业科研机构以及中国科学院的农业科研机构。评估方法为层次指标法,指标及其权重由专家调查确定,数据来源主要为2004年国家科技统计数据。评估结果显示,在2004年度,中国农业科学院作物科学研究所位居全国农业科研机构综合实力首位,排名前50位的农业科研机构中,有35个是农业部部属研究所,其中有28个单位是中国农业科学院院属单位。
本次评估主要以独立专业研究所为评估对象,北京市农林科学院、吉林省农业科学院、江苏省农业科学院、浙江省农业科学院、辽宁省农业科学院、云南省农业科学院、上海市农业科学院、青海省农林科学院和新疆农业科学院等9个机构在2004年都以“院”为单位上报数据,缺少下属专业研究所的统计数据,因此这几个机构的评估结果没有列入最后排名。